文系と理系（ぶんけいとりけい）とは、学問（学習・教育・研究などを含む）に対しての日本などにおける大まかな分類方法の1つのことである。文系とは、主に人間の活動を研究の対象とする学問の系統とされており、理系とは、主に自然界を研究の対象とする学問の系統とされている。文官と武官の区別と同様に、有意な成果や果実を得るためには総合的な知見や能力が重要であり、社会における重要度に違いはないが、実際には社会でしばしば「文系」「理系」の区別は利用され、性向や思想信条の差、男女の差、年収の差に有意な違いがあるなどと論じられることがある。
日本においては、第2次・高等学校令（大正7年勅令第389号）の第8条に「高等学校高等科を分ちて文科及理科とす」（原文は片仮名）という規定があった。明治中期から第二次世界大戦降伏前は、旧制高等学校は、旧制大学で教育を受けるための準備教育を行う場としての位置づけが大きかった。高等学校の高等科においては、学修する外国語（英語およびドイツ語が大半）によって、「文科甲類」「文科乙類」「理科甲類」「理科乙類」などに分け、「文科」「理科」のどちらで学んだのか、学んだ外国語は何であったかによって、旧制大学で学ぶ専攻分野を大きく左右した。
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近代の日本において、大学教育に対する準備教育の課程を「文科」と「理科」に区分したことは、現代における文系と理系の区分に事実上引き継がれている。旧制高等学校の区分けを受けて、現代における文系を文科系（ぶんかけい）と理系を理科系（りかけい）と呼ぶこともある。「系」の語が付与されているのは、「文科」「理科」という学科組織に基づく分類によっていないからである。